1. dBpowerAMP Music Converter. Удобно работать мышкой (с контекстным меню программы). Требует установки дополнительных плагинов (Это, смотря что во что конвертировать) Все плагины есть на сайте разработчика. Домашняя страница: http://www.dbpoweramp.com/
2. FairStars Audio Converter. Обычный, упрощенный интерфейс. Можно забыть установить параметры конвертации. Устанавливаются в меню "Option".
Домашняя страница: http://www.fairstars.com/
Для ответственных вещей можно воспользоваться Sony Sound Forge.